醬油釀造的開端，始于一種核心微生物——米曲霉的接種。在適宜的溫濕度下，米曲霉在由大豆和小麥混合的原料上旺盛生長，其菌絲會分泌出豐富的蛋白酶、淀粉酶等，這一過程被稱為“制曲”，是為后續風味轉化準備“生物工具”的關鍵階段。

制曲完成后，便進入“發酵”環節。將制成的曲料移入高鹽度的醬醪中，環境中的耐鹽酵母菌和乳酸菌等開始逐漸活躍。它們與米曲霉分泌的酶系協同作用，共同構成了一個復雜的發酵生態系統。

在微生物的作用下，原料中的蛋白質被分解為多種氨基酸，這些氨基酸不僅直接貢獻了醬油鮮美的“滋味”，也是后續產生復雜香氣成分的重要前體物質。這一蛋白質轉化過程是醬油鮮味來源的核心。

同時，小麥中的淀粉被酶解為糖分。這些糖類一部分為酵母菌和乳酸菌提供了生長所需的能量，另一部分則留存于醬油中，賦予其柔和的甜味，并與氨基酸等物質發生反應，形成醬油誘人的焦糖色和醇厚香氣。

發酵過程中，不同微生物的代謝活動產生了極為豐富的風味物質。例如，酵母菌可能產生微量的酒精和酯類物質，帶來果香或酒香；乳酸菌則產生有機酸，賦予醬油柔和的口感。這些物質的平衡與協調，共同構成了醬油層次豐富的“香氣”。

現代醬油生產通過科學控制溫度、鹽度、通氣量等參數，為這些有益微生物創造更適宜的生長環境，從而引導風味向預期方向發展。了解醬油的“菌”事，有助于我們更深入地欣賞這一傳統發酵食品中所蘊含的生命智慧與科學原理。