市糧食局設8個內設機構:
(一)辦公室。
組織協調局機關的政務工作，擬訂局機關工作規則并組織實施;負責局機關的文秘、機要、保密、檔案、政務值守、信訪、政務信息、宣傳報道、電子政務、會務、督查、建議提案辦理、綜合協調、公務接待和政務公開工作;負責局機關和所屬企事業單位的保衛工作和社會治安綜合治理的日常工作。
(二)調控科。
研究提出全市糧食宏觀調控、總量平衡、糧食購銷的建議;擬訂市級儲備糧油的規模、總體布局和收購、銷售、輪換意見并組織實施;審批并核查糧食收購資格;負責全市糧食流通統計、糧食供求平衡調查、軍糧供應、市場監測和預警分析工作。
(三)政策法規科。
研究提出全市糧食流通體制改革方案及相關政策措施并組織實施;負責糧食工作重大問題和重要政策、法規的研究工作;組織糧食流通和儲備等相關配套政策制度的起草和宣傳;承擔相關行政復議、行政應訴等工作。
(四)監督檢查科。
監督檢查全市糧食流通管理的法律、法規、政策和規章制度的貫徹執行情況;監督檢查地方儲備糧計劃、數量、質量和技術規范的執行情況;組織指導對全市糧食經營者從事糧食收購、儲存、運輸活動和政策性用糧的購銷活動以及執行國家糧食流通統計制度情況的監督檢查;承擔全市糧食庫存檢查工作。
(五)財務科。
承擔局機關和所屬單位部門預算、財務管理、政府采購、國有資產監管和內部審計工作;指導全市糧食企業貫徹國家有關財稅、金融、會計政策;協調落實有關財政補貼政策和糧油收購資金供應;指導糧食財務掛帳管理和消化、以及企業改革有關財務工作。
(六)倉儲科。
擬訂全市糧食流通基礎設施建設和倉儲管理的相關政策并組織實施;承擔全市糧食倉儲管理和儲存工作;承擔中央和地方儲備糧承儲資格的申報、認定工作。
(七)產業發展科。
擬訂全市糧油工業發展規劃，指導全行業糧油工業發展的具體業務工作，擬訂有關制度、辦法并監督執行，對糧食產業化發展基金進行監管，組織糧油工業科技推廣和交流合作。
(八)人事科(黨委辦公室)。
負責局機關和所屬單位黨的建設、干部管理和精神文明建設;負責管理局機關和所屬單位機構編制、人事勞資;組織指導全市糧食行業的職業教育和干部培訓等項工作。
紀檢機構 按有關規定設置。
離退休干部科 負責局機關離退休干部工作，指導所屬單位的離退休干部工作。