2006年8月，經國家糧食局批準，合肥國家糧食交易中心在安徽糧食批發交易市場的基礎上正式掛牌成立
同年底，國家糧食局又對收購價糧食的競價交易方式進行了創新和完善，進一步明確了安徽糧食批發交易市場作為收購價稻谷和小麥競價交易的中心市場，受托負責整個競價交易活動的組織協調，并陸續在條件成熟的河北、山東、江蘇、江西、湖南、湖北等六省設立了分會場。
截至2007年5月底，合肥國家糧食交易中心共舉辦41次收購價稻谷競價銷售交易會和26次收購價小麥競價銷售交易會，同時進行網上掛牌交易，累計成交糧食2000多萬噸，成交額300多億元。安徽市場也糧油產品交易方式的轉變:由傳統的舉牌競價到現場電子競價，再到現場電子競價、分會場和遠程網上交易同步進行的新模式，實現了糧食競價方式的歷史性飛躍。
合肥國家糧食交易中心的軟硬件設施、規范的服務、頑強的拼搏進取獲得了良好業績回饋:成交量、成交額、合同履約率居同行業之首，為增強糧食宏觀調控、合理配置糧食資源、搞活糧食流通、調節糧食供求、指導糧食市場價格、節省財政資金支出、促進糧食經濟發展等方面發揮了重要的作用，為統一、競爭、有序的糧食大市場的形成做出了應有的貢獻。