小麥儲存期間的主要害蟲是麥蛾、玉米象、谷蠹、大谷盜、赤擬谷盜等，其中以玉米象、麥蛾危害最嚴重。由于小麥成熟、收獲、入庫時氣溫較高，利于儲糧害蟲的生長與繁殖，嚴重影響貯藏小麥的品質。
1少量儲糧害蟲的防治方法
1.1用80%敵敵畏乳油50~100倍液噴灑于蓋在種子表面的報紙上，密閉2~3天，然后揭開報紙散氣。
1.2玉米象危害時，先暴曬麥種，再用馬拉硫磷20克兌水100克拌麥糠500克，將毒麥糠均勻拌于種子內，一起入倉。
2新小麥的儲存方法
2.1三熱密閉法。即麥熱、缸熱、物料熱。選擇晴朗高溫天氣，上午9時左右把小麥薄攤到曬場上，壓蓋小麥的物料晾曬并用敵敵畏或防蟲磷噴灑消毒。于下午3時前后聚堆，熱悶半小時，趁熱放進經晾曬處理的缸。用消毒過的物料進行壓蓋，然后用薄膜密封缸口，用繩扎緊，使缸內的麥溫達到40℃以上，保持8~10天，此后，糧溫逐漸下降與氣溫平衡，轉入正常密閉儲藏。
2.2缺氧保管法。利用小麥后熟期長及入缸糧溫高、呼吸旺盛的特點，在小麥進缸密閉的情況下進行的一種自然缺氧保管方法。缸內的氧氣隨著小麥和害蟲及微生物的呼吸而逐漸減少，5~10天即能使氧氣濃度降到2%~5%，二氧化碳濃度增加到40%~50%，保持一定時間可使害蟲窒息死亡。
2.3化學保藏法。對于靠自然缺氧達不到防治目的的小麥，用化學保藏最為適宜，投藥法即用紗布把藥片包緊放入糧堆內即可，此法適用于長期儲存，一般用磷化鋁片劑每噸3~5克即可。